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山ブログ

山間部

ViennaRNA Package 1.xをmacOS Sierraでビルドする

用があってViennaRNAの1系を使うことがあって、ビルドしようと思ったら通らなかった。

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "_HairpinE", referenced from:
      _subopt in libRNA.a(libRNA_a-subopt.o)
      _repeat in libRNA.a(libRNA_a-subopt.o)
  "_LoopEnergy", referenced from:
      _subopt in libRNA.a(libRNA_a-subopt.o)
      _repeat in libRNA.a(libRNA_a-subopt.o)
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64

リンカーでエラーが出る。nmlibRNA_a-fold.oを確認すると確かにSymbolがundefinedになっていた。

環境

$ gcc --version
Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 8.0.0 (clang-800.0.42.1)
Target: x86_64-apple-darwin16.4.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin

方法

lib/fold.cに以下のようにINLINEマクロが定義されているので、変更する。

変更前

    27 #ifdef __GNUC__
    28 #define INLINE inline
    29 #else
    30 #define INLINE
    31 #endif

変更後

    27 #ifdef __GNUC__
    28 #define INLINE
    29 #else
    30 #define INLINE
    31 #endif

原因

https://clang.llvm.org/compatibility.html#inline

GNU C89 mode (used by default in older versions of GCC) is the C89 standard plus a lot of extensions. C89 doesn’t have an inline keyword, but GCC recognizes it as an extension and just treats it as a hint to the optimizer.

GCC C89モードのinlineはおかしいらしい。以下の方法でもビルドできる

$ CFLAGS=" -std=gnu89 " ./configure